Les projets qu'aborde habituellement Mondragon Sistemas sont menés en utilisant la méthodologie propre de système d'assistance à la programmation de projets REPROGRAM.
Il s'agit d'un système qui permet la configuration automatique de PLCs et de SCADAs à travers l'usage de composants flexibles dans le but de standardiser et d'offrir des solutions économiquement optimisées. Le design s'en trouve normalisé et rendu plus efficient.